第一次忍界大戰末期，本應迎來和平轉機的五影會談，最終卻因為幽靈軍團壓境而灰飛煙滅。那日天色陰沉，風雷交加，原該簽署停戰協議的將軍與影級強者們，只得眼睜睜看著谷口冒出無盡如屍兵馬俑的軍團，踏碎誓言之地。
木葉、岩隱、雲、砂、霧——五大忍村早已傷痕累累，數不清的忍者倒在無謂的邊境之戰。如今，尚未喘息之際，卻迎來一場更深的深淵。
但是，忍者們仍然不懈地繼續奮戰，前仆後繼。
真正重要的東西啊...不管痛苦也好、悲傷也好...都要努力到底，就算失去生命，也要用雙手來保護到底啊！如此一來，就算死掉的話，也會永遠留下男子漢...活過的證據！
成千上萬的忍者秉持著這種信念而戰死了。
這些幽靈軍團無需進食、無需休息，不知痛苦、無懼死亡。更恐怖的是，就算粉碎它們的身軀，那些碎片會自動再生重構，仿若某種禁忌咒術在支配它們——如同魍魎意志的延伸。
這場戰爭，這般時勢，造就了英雄。
一如年輕的代理火影猿飛蒜山，在諸神靜默、人心潰散的時代，他仍以沉穩之姿立於群忍之前。他不急不躁，不奢言救世，也不自稱英雄，只是靜靜地讀風、聽雨、觀人心。
他熟習五遁，如同老練書生翻閱掌中經書。他讓水遁順勢而生，讓土遁封喉阻敵；在雷雨交織的戰場上，他會讓雷遁交錯於水脈之中，如命運的伏線，在幽靈軍團腳下無聲燃起。他不靠破壞取勝，而是以周全的判斷、細密的構想，讓每一道術式、每一寸土地都成為戰局的一部分。他是六邊形的忍者，不張揚、不偏廢，技藝圓滿，奮勇殺敵，最終獲得木葉眾人肯定，坐穩三代火影大位。
而鐵之國作為主戰場，首當其衝。身為中立國，他們原本試圖斡旋局勢，卻遭慈弦親自率軍偷襲，並掌控名為大黑天的異空間，將巫女死後所留下的透明鈴鐺、四代火影波風水門與宇智波斑，悉數囚於另一個時空之中。
沒有了巫女及鈴鐺，世間便失去了封印魍魎的唯一途徑。
魍魎來襲鐵之國那夜，天色沉如鉛墨，濃霧自鬼骨嶺漫下，山川河流皆無聲息。起初是村犬夜嘯、鳥飛林空，接著連鎮上的長明燈都一盞盞熄滅。作為賢雄大人的千手扉間與秀信大人的宇智波止水先後趕至時，唯餘哀號與低語藏於霧後。魍魎不像尋常妖邪，不求殺敵於瞬，而是蠶食人心、消磨意志。
扉間整備封鎮，步步為營。他不急著攻敵，反是調動鎮中殘兵敗卒、將火源與餘糧集中，令村人聚集於石屋深處，自親手封鎖所有入口，接著單人守在鎮口。他深知魍魎擅長遊走暗處，便取出那柄重劍立於身側，一夜不動，只靠聽覺與足音辨敵，凡有異聲靠近，便掀劍橫擊，阻其靠近。整整數日，魍魎十餘次試探皆被震退，據說劍痕深達石板，餘震久久不散。
待止水自林間趕至。魍魎開始轉攻為困，霧氣在夜間彷彿長出觸手，慢慢滲入屋舍與巷道，人在其中迷失方向，甚至對自己說出的話都產生質疑。秀信知曉這種戰法再撐一晚，人心先散，便主動破局。他獨身進入霧區，將村中留下的水井一一打開，利用查克拉變化尋找魍魎所藏的核心。他不如賢雄那樣以守制攻，而是以極快與極美的步法、刀路撕裂濃霧，凡所經之處，魍魎幻象皆遭斷裂。有人說他那夜身形多至八重，難辨虛實。其實不過是他瞬身快得讓人眼花罷了。
就這麼周旋了大半年，魍魎氣焰將絕，卻反撲最劇。整個鎮子陷入一種詭異寂靜，連呼吸聲都彷彿被剝奪。那一夜沒有人敢靠近戰場，只遠遠見到一幕奇景。
月色不明，風起雪動，彷彿時間被打亂。據說那晚賢雄與秀信並肩而立，前者提劍如佈滿磐石之山，斬斷魍魎最後一縷陰影；後者則如流水繞鋒，以單手亂輪刀一口氣斬出三十三記，每一記都從不同方向襲入，將魍魎的本體一寸寸削弱。
天破曉時，魍魎如潮退去，地上不見一滴血，只有滿地枯枝與斷影。後來有人說，那一戰他們沒贏什麼，只是硬撐到天亮。但那等死撐，已勝過千軍萬馬。
然而，歲月流轉，戰火未息。數月間，幽靈軍團攻破了河之國、茶之國、湯之國，小國無力抵抗，皆為焦土。就連雨之國半藏之左右手躲雨的平次，親率部隊突圍，亦終究不敵，在毒霧與白骨之間沉沒。
忍界各國皆是一籌莫展，彼此不再信任，情報失靈，各自為政。若非賢雄與秀信二人力撐邊界、面對無法封印的魍魎孤軍奮戰，忍界恐早已全面崩潰。這兩位如山如海的將軍，一人戰西土一人守北川，每一次出手，便如霹靂斬霜，天際為之震動。然而，就連他們，也漸漸顯露疲態。曾有一次，賢雄於青巖嶺單騎破軍，連斬幽靈軍團包括黃泉在內等敵方大將，卻在勝後連吐三口血，數日不語。
戰情情報來自晴賴，他的老鷹穿梭幽林與雪原，蒐集敵軍動向，止水來沒聽過他們復職的首席情報官用這種沉悶的方式說話，就像每個字都要在心上磨一刀似的，他說得惜字如金：“這些怪物兵馬俑......數量在增加.....就像是會繁殖一樣。”這句話讓所有人都沉默。
宇智波止水當然有找過宇智波鏡。這位年輕的寫輪眼強者在幾年前開啟萬花筒後，為抵禦大筒木芝居殘魂的精神干擾而不再使用瞳術。
但如今，他被迫出山。千里眼掃盡十萬山河，卻始終無法定位慈弦的所在。那個已經不能再做凡人的器……藏得太深，太小，大海撈針，萬象之力難以觸及。他猶如幽影般潛伏於現實與虛空之間，讓整個忍界陷入了的恐懼中。
更糟糕的是，擁有“十方”瞳術的宇智波光遍覽未來，不斷歷經更新，也一時找不到得勝的轉機。
止水才意識到，己方縱有天大本事技藝，終究是人。
人與大筒木最大的差別，就是他們擁有悠久的生命。
大筒木敗了，一定會潛伏起來，躲在人找不到的地方，等待歲月帶走人的生命。
但他們既然做出了決定，就必須承擔所有，死守到底。
在風之國邊境，二代風影沙門於黃沙中獨守鳴砂谷。他帶領殘餘砂忍軍，擋下了五波突襲，終於在最後一次防線潰堤時，於萬兵之中引爆傀儡，自爆殉國。忍界諸國聞訊，皆默哀三日。
宇智波止水知道沙門可是近世傀儡術與操縱砂技能的始祖，與文左衛門並稱初代傀儡師，具有卓越的前瞻性能力以及對未來局勢的明確判斷，如果他都自爆尋死，可見忍界毫無希望。
絕望一點一滴侵蝕忍者們的心。曾經高歌火之意志的少年，如今也學會了沉默。木葉的少年們分批戰死，漩渦一族的封印術作為忍界希望，焚膏繼晷，也難以遏止魍魎的力量。
黑夜，持續了太久太久。
這場被後人稱為魍魎戰爭的漫長戰火中，生者不知為誰而戰，死者早已無從辨識。在這血與火、魂與骨的洪流中，唯一不變的，是那封印著巫女遺力的鈴鐺，在大黑天深處悠悠作響，彷彿在嘲笑現世的希望。
如今，忍界只剩下兩個選擇：滅亡，或賭上殘存的信念，持續尋找生機.....
★☆★
波風水門、宇智波斑跟旗木朔茂被困在這裡已經不知道多久了。
這片無日月星辰、無寒暑交替、無飢無渴。只有時間的靜止與靈魂的沉寂，彷彿天地為一囚籠，靜默無聲。
唯一可以慶幸的是，跟當初悠斗、止水抵達天子陵墓前困在時間禁製不太相同，他們不需要進食食物來源，或大量運行查克拉去保持身體機能運作。
水門不禁看了眼小朔茂，想到當年在帝陵的時間禁製屬於凝固時間的上古時空間封陣，原本以為因漩渦一族被滅而失傳，當年白牙便是為此放棄了任務，才堪堪救了同伴。
想到他心目中的白牙前輩，水門不禁惆悵起來.....他的死，是水門決心成為火影的起點。
而這一切.......對水門來說，都已經過去太久了.......
與其去探究剪不亂理還亂、因果交織的過去與未來，他只能專注於當下。
大黑天凍結時間的技術，是根本上不同的能力，比起時間禁製，更像是水門當初取自修煉地，用來封印露營裝備、食物等無機物的時空間封印儲物卷軸。
水門與斑初時養傷沉默，後來閒得發慌，不免對打切磋、論法談術，指點朔茂踏上木葉白牙的成名之路，待得滅覺封印解除後便研究起巫女的鈴鐺，在大黑天這個時間停止的異空間裡，不需要吃東西，沒有人類的生理需求，就是被困著。